#1

Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 29.05.2019 18:45
von witweb | 704 Beiträge

Hallo,

ich habe mal versucht, den kompletten Workflow beim Focus-Stacking unter Ubuntu zu realisieren.
Wen das Thema interessiert: Bitte weiterlesen!

Kurze Anmerkung vorweg: Ich habe auf meinem Computer zwei Betriebssysteme parallel installiert. Windows und Ubuntu.
Windows nutze ich ausschließlich fürs Stacking und die Bildverarbeitung. Das heißt, da laufen Helicon Focus Pro, Bridge, Lightroom, Photoshop CC , RawDigger und sonst noch ein paar Tools.

Ubuntu nehme ich für alles andere, also Internet, E-Mails, Office usw.

Nachdem ich vor ein paar Wochen das Upgrade von Win7 auf Win10 gemacht habe, war nun Ubuntu dran, von 16.04 auf das aktuelle 18.04.
Als das erledigt war, kam mir die Idee, mal zu versuchen, alles, was ich sonst unter Windows mache, mit entsprechender Software unter Ubuntu umzusetzen. Nebenbei, vor ein paar Jahren habe ich das schon mal probiert, aber da war z.B. GIMP noch mit 8-Bit unterwegs, und alles andere war auch nix rechtes.

Mir ging es wirklich nur darum, das mal zu testen. Einfach aus Interesse, aber auch, um zu sehen, ob das etwas für den Reise-Laptop wäre. Oder generell als Alternative zu Windows und Adobe. Wer weiß…

Also habe ich die jeweiligen Linux-Alternativen zu Lightroom, Photoshop und Helicon Focus installiert. Von ZereneStacker habe ich das „30-day free trial“ genommen. Alles war ruck-zuck auf der Festplatte. Allerdings habe ich mich in die Programme nicht wirklich tief eingearbeitet. Man kommt aber mit Hilfe von Youtube-Tutorials und den Handbüchern (Links s. u.) schnell klar.


Hier die Programme und Arbeitsschritte

Arduino IDE - Steuerung des Schlittens und der Kamera-Auslösung (hatte ich allerdings schon vorher unter Ubuntu)

Darktable - Tethering, Live-View für Probeaufnahmen und Einrichten der Anfangs- und End-Punkte des Stacks
Darktable - Einlesen der RAW-Bilder von der Kamera, Belichtung anpassen, Schärfe zurücknehmen und entrauschen. Als 16-Bit-TIFF auf die Platte schreiben

ZenereStacker - Stacken

GIMP 2.10 - Retusche und Ausgabe

Als „Versuchskaninchen“ habe ich ein Büschel Rucola-Sprossen aus dem Kräutergärtchen genommen. Daten zum Stack siehe unten. Zunächst habe ich Anfangs- und Endpunkt des Stacks anhand des Kameradisplays festgelegt, mit der Folge, dass ein paar Blättchen unscharf sind, weil ich das auf dem kleinen Display übersehen hatte .
Die Möglichkeit, Darktables Tethering zu nutzen (großes Live-Bild), habe ich erst später entdeckt.

Wie schon erwähnt, für das Stacken habe ich die Test-Version von ZereneStacker verwendet. Helicon Focus gibt es nicht für Linux und Picolay wohl auch nicht, aber vielleicht kann Heribert dazu was sagen?



Hier ein nun paar Screenshots:

1. Darktable – Tethering mit Live-View





2. Darktable - Import der Bilder und RAW-Konvertierung des Stapels





3. ZereneStacker





4. GIMP 2.10 Retusche und Ausgabe




Fazit:
Alle Schritte ließen sich im Großen und Ganzen so durchführen, wie ich das von Windows kenne. Darktable und GIMP sind h i e r vom Funktionsumfang sicher mit Photoshop und Lightroom bzw. ACR vergleichbar. Kleines Manko für mich: Bei GIMP gibt es z. B. keine Smartobjekte. Soll aber in einer späteren Version noch kommen.
Will man alle Möglichkeiten dieser Programme nutzen, sollte man sich allerdings schon etwas einarbeiten. Da bin ich auch noch am Anfang. Wer mit Photoshop & Co. vertraut ist, wird jedoch keine Schwierigkeiten haben.
Interessant ist auch, dass GIMP Photoshop-Dateien lesen kann. Umgekehrt kann GIMP Bilder auch im Photoshop-Format exportieren. Ich denke aber, es wird schon das eine oder andere verloren gehen, wenn es im jeweils anderen Programm für bestimmte Dinge kein Äquivalent gibt.
Da es GIMP auch für Windows gibt, kann man es sich ja mal ansehen, ohne Ubuntu installiert zu haben.

Mit ZereneStacker hatte ich vorher noch nicht gearbeitet. Ich habe deshalb nur die Bilder geladen und mit PMax losgestackt...

Alle Programme, einschließlich des Betriebssystems Ubuntu, gibt es für lau, außer ZereneStacker, das aber, soweit ich weiß, auf mehreren Rechnern bzw. Betriebssystem laufen darf. Also z.B. unter Windows oder Mac OS - und zusätzlich vielleicht auf dem Laptop unter einem schlanken Ubuntu.

Da ich mit meiner Windows Lösung, Photoshop Abo und HeliconFocus Pro (lifetime license) keine Not habe, werde ich wohl dabei bleiben.
Aber ich habe mich gefreut, zu sehen, das es Alternativen gibt!


Beste Grüße

Michael


Links zu den Handbüchern:
darktable-usermanual-de.pdf
gimp-handbuch.de


Rucola-Kresse - das 5. Bild aus meiner Kräuter-Trilogie



Kamera: CANON EOS 650D
Objektiv: Tamron Makro SP AF 90mm F/2.8 Di MACRO 1:1
Blende: 5,0
Beleuchtung 2 Blitze
Belichtungszeit: 1/160
ISO:100
ABM: 1:1
Bildbreite: ca.22mm
Beschnitt B/H:
Dateiformat: RAW
Stackingschritte: 217
Schrittweite: 0,13mm
Software: Darktable, ZereneStacker, GIMP 2.10
Name: Rucolakresse


zuletzt bearbeitet 29.05.2019 18:48 | nach oben springen

#2

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 29.05.2019 21:36
von stekki | 2.926 Beiträge

Mir persönlich wäre diese Umstellung auf Linux-Ebene zu aufwändig; mich neu zu sortieren und einzuarbeiten ... im Moment ist dafür sowieso keine Zeit.

Hier in diesem Forum gibt es eine Ecke für Linux-Fans...
ein alter Forenkollege (outsourced), den ich persönlich kenne, hat sich dem Thema gewidmet.


VG Ekkehard

zuletzt bearbeitet 29.05.2019 21:38 | nach oben springen

#3

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 30.05.2019 12:14
von witweb | 704 Beiträge

Hi Ekki,

ich mache das auch nicht, läuft ja alles bestens. Aber ich wollte mal sehen, ob es unter Ubuntu geht.
Danke für den Link. Die Seite kannte ich noch nicht, werde ich mir aber mal genauer ansehen. Sind ja viele Infos zum Thema zu finden, auch sehr spezielle. Steckt sicher viel Erfahrung dahinter. Bestimmt hilfreich, wenn man das mal "richtig" angehen will.

Beste Grüße

Michael

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#4

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 24.02.2020 21:40
von MartinV | 35 Beiträge

Ich entwickele seit einiger Zeit eine Stacking-Software für Linux.
Es ist noch zu früh und stellenweise zu speziell, um es groß anzukündigen.
Wer aber schon Interesse hat, es mal auszuprobieren: https://github.com/mviereck/microscopy-tools

Es sind eigentlich zwei Programme: Eines, um die Photos automatisiert zu schießen (stackshooter), und eines, um die Bilder zusammenfufügen (stackfuser).

Es ist auf meine Mikroskopausrüstung zugeschnitten.
Die Voreinstellungen von stackfuser zielen auf bestmöglichen Detailreichtum von Mikroskopaufnahmen. Für Makroaufnahmen sind Kontrast etc. zu stark eingestellt und müßten angepaßt werden.
stackshooter koordiniert bei mir die Kamera und einen Schrittmotor am Mikroskop. Ich überlege, alternativ zur Schrittmotorsteuerung eine automatisierte Fokusänderung zu ermöglichen.

Wenn jemand Interesse am Ausprobieren hat, würde ich mich freuen.

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#5

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 25.02.2020 16:59
von witweb | 704 Beiträge

Hallo MartinV,

Frage: Warum, oder für wen, entwickelst du diese Stacking-Software? Es gibt Zerene für Linux und Picolay, letzteres kostenlos. Ich denke Picolay kann auch unter Linux genutzt werden (Wine). Mir würde auf Anhieb nicht viel einfallen, was man da noch besser machen könnte. Und falls doch, der Entwickler von Picolay (Heribert Cypionka) ist auch hier im Forum aktiv und würde Verbesserungsvorschläge sicher gern aufgreifen.

Und was den "stackshooter" anbelangt, so etwas verwendet, auf die eine oder andere Art, hier fast jeder. Meist jedoch auf Mikrocontroller-Basis (kommerziell oder als Eingenbau). Auch zugeschnitten auf das eigene Equipment.

Was mich betrifft, wie in diesem Beitrag schon geschrieben, nutze ich Ubuntu für alles, außer eben für Stacking und Bildbearbeitung. Das mache ich mit WIN10, da ich Helicon Focus Pro (Kaufversion) nutze und Photoshop CC. Derzeit sehe ich keine Notwendigkeit da umzusteigen. Und für den Urlaubs-Laptop (Ubuntu) geht ja die oben beschriebene Lösung.

Aber vielleicht kannst du ja zu deiner Motivation noch etwas mitteilen.

Beste Grüße

Michael

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#6

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 25.02.2020 21:25
von MartinV | 35 Beiträge

Hallo Michael,

Zitat
Warum, oder für wen, entwickelst du diese Stacking-Software?


die Grundmotivation ist Freude an der Entwicklung und Erforschung der Möglichkeiten.
Dazu kommt der Wunsch, eine freie und quelloffene Linux-Lösung zu haben.
Eine Lücke füllen stackshooter und stackfuser insofern, daß sie für Mikroskopaufnahmen optimiert sind und werden.

Begonnen hat es damit, daß ich eine Software zur Ansteuerung meiner Ausrüstung brauchte: Mikroskop+Arduino+Schrittmotor+Kamera. Eine fertige Lösung dafür gab es nicht. Das leistet jetzt stackshooter. Der ist bisher weitgehend auf meinen Spezialfall zugeschnitten. Das Skript ist aber soweit ausgereift, daß es auch andere Geräte ansteuern könnte.
Eine einfache Erweiterung für allgemeineren Nutzen wäre es, nur die Kamera anzusteuern und statt Schrittmotorbewegungen automatisierte Fokusänderungen der Kamera zu machen. (Ich habe nur derzeit keine separate Kamera mit Makroobjektiv, sonst wäre das schon integriert).

Die Mikroskopaufnahmen sind erst einmal ziemlich blaß und brauchen einiges an Anpassung mit Gamma, Schärfe, Kontrast, bis sich daraus ein schönes Stackingbild machen läßt.
Anfangs habe ich die Bilder mit rawtherapee nachbearbeitet und mit Picolay (geht mit wine auf Linux) oder Zerene gestackt.
Das Nachbearbeiten der Bilder von Hand mit rawtherapee geht gut, ist aber zeitaufwändig und braucht etliche Mausklicks. Das wollte ich mehr automatisieren. Das macht stackfuser mit imagemagick, einem sehr vielseitigen Linux-Grafiktool.

Mit den Stackingergebnissen von Picolay und Zerene war ich oft nicht ganz zufrieden. Eines meiner Ziele ist maximale Detailgenauigkeit der mikroskopischen Feinheiten. Im direkten Vergleich der Ergebnisse von Zerene, Picolay und stackfuser zeigen die Ergebnisse von stackfuser oft mehr feine Details als die beiden anderen. Picolay und Zerene sind wohl eher für Makroaufnahmen als Mikroskopaufnahmen ausgelegt.
Größeres Detailreichtum bekomme ich unter anderem dadurch, daß stackfuser mit enfuse, einem Linux-Stackingprogramm, eine ganze Serie von Stackbildern mit abweichenden Einstellungen berechnet. Aus dieser Serie von Stackergebnissen, die jeweils unterschiedliche Aspekte besser herausholen, berechnet stackfuser mit Hilfe von imagemagick das finale Ergebnisbild.

Letzlich sind stackshooter und stackfuser einfache Skripte, die vorhandene Linux-Werkzeuge nutzen und kombinieren:
- gphoto2 für Kamerasteuerung
- imagemagick zur Bildnachbearbeitung
- ffmpeg für Alignment
- enfuse für Stacking
- nochmal imagemagick, um die Ergebnisse von enfuse zu kombinieren

Zitat von witweb im Beitrag #5
Hallo MartinV,
der Entwickler von Picolay (Heribert Cypionka) ist auch hier im Forum aktiv und würde Verbesserungsvorschläge sicher gern aufgreifen.


Über einen Austausch mit Heribert Cypionka würde ich mich freuen!

Viele Grüße, Martin


zuletzt bearbeitet 25.02.2020 21:28 | nach oben springen

#7

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 26.02.2020 12:07
von witweb | 704 Beiträge

Hallo Martin,

danke für deine ausführlichen Erläuterungen. Um Heribert zu erreichen, kannst du ihm ja mal eine PM schicken.

Ich bin jetzt nicht so der Linux-Freak. Ich nutze Ubuntu zwar für viele alltägliche Dinge, aber eher die "ausgereiften" Programme. Ich habe selten Lust auf Terminal & Co. Diese Arbeitsweise habe ich eigentlich mit MS-DOS hinter mir gelassen (von der Arduino-Programmierung mal abgesehen).

Zitat

Mit den Stackingergebnissen von Picolay und Zerene war ich oft nicht ganz zufrieden. Eines meiner Ziele ist maximale Detailgenauigkeit der mikroskopischen Feinheiten. Im direkten Vergleich der Ergebnisse von Zerene, Picolay und stackfuser zeigen die Ergebnisse von stackfuser oft mehr feine Details als die beiden anderen. Picolay und Zerene sind wohl eher für Makroaufnahmen als Mikroskopaufnahmen ausgelegt.
Größeres Detailreichtum bekomme ich unter anderem dadurch, daß stackfuser mit enfuse, einem Linux-Stackingprogramm, eine ganze Serie von Stackbildern mit abweichenden Einstellungen berechnet. Aus dieser Serie von Stackergebnissen, die jeweils unterschiedliche Aspekte besser herausholen, berechnet stackfuser mit Hilfe von imagemagick das finale Ergebnisbild.


Das hört sich nicht schlecht an, aber man müsste sich das mal konkret ansehen. Vielleicht zeigst du ein paar Bilder im Vergleich?

Grundsätzlich ist es schon so, dass die Nachbearbeitung von Makro- oder Mikrobildern einige Zeit beansprucht. Und das ist auch sehr von der konkreten Aufnahme abhängig. Ob da eine "Automatisierung" hilfreich wäre, glaube ich ich nicht, mal abgesehen von Bilderserien zum gleichen Thema.
Wie geht ImageMagick mit RAW-Dateien um? Ich denke letztendlich sind insgesamt auch etliche individuelle Einstellungen notwendig...
Aber wie gesagt, vielleicht zeigst du mal ein paar Bilder.

Beste Grüße

Michael

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#8

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 26.02.2020 22:32
von MartinV | 35 Beiträge

Zitat
Ich habe selten Lust auf Terminal & Co.


Ich habe Spaß daran gefunden. :-) Doch keine Sorge, stackfuser läßt sich mit der Maus bedienen.

Zitat
Das hört sich nicht schlecht an, aber man müsste sich das mal konkret ansehen. Vielleicht zeigst du ein paar Bilder im Vergleich?


Gern!
Ich habe ein Motiv ausgewählt und eine Ergebnisreihe von Zerene, Picolay und stackfuser zusammengestellt:
https://github.com/mviereck/microscopy-t...-und-stackfuser

Als eine Auswahl der besten Ergebnisse nehme ich hier je ein Bild von Zerene und Picolay sowie das Ergebnis von stackfuser; der Bilderstapel wurde jeweils mit stackfuser/imagemagick schon vorbearbeitet. Bilder ohne Vorbereitung durch stackfuser sind unter dem Link oben zu finden.

Picolay sup0_al1:


Zerene DMap:


stackfuser:


Ein Zwischenergebnis von enfuse, aufgerufen durch stackfuser:


Zitat
Wie geht ImageMagick mit RAW-Dateien um?


Das habe ich noch nicht getestet, ich habe erst einmal nur jpg Dateien der Kamera genommen.

Viele Grüße, Martin

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#9

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 27.02.2020 09:43
von carypt | 263 Beiträge

nicht daß ich spaß an linux oder es in gebrauch hätte , aber ein offenes stackprogram wo man die techniken und parameter des stackens sehen und bearbeiten und wählen kann begrüße ich. gerade die auswahl und summationsprinzipien der zu findenden strukturen im stack ist ein interessant thema . wie ich bis jetzt herausgefunden habe funktioniert imagemagik als modul für die strukturfindung in den stacks ? danke für die mühen. wo ich bei linux dann aufgebe ist wenn ich keine befehlreferenz finde , was ich an befehlen eingeben kann/soll . letztlich ist auch affinity als stackprogramm in erscheinung getreten. in den beispielbildern sehe ich unterschiedliche gefundene strukturen/linien durch die unterschiedlichen programme , wobei zerene durch einen soften nebelfilter das erscheinen von scheinstrukturen durch abbildungsartefakte (beugung,reflexbilder/spurious resolution) zu umgehen scheint unscharf läßt . es sind eben andere gewichtungen für bildwerte pixel in anwendung .

hier https://imagemagick.org/Usage/morphology/ sehe ich eine seite mit bildern die strukturfindungsstrategien anzeigt , ohne zu wissen ob so etwas für das stacken einen bezug hat. wie macht denn stackfuser das stacken in groben zügen ? (es braucht keinen roman.) danke .
gruß carypt


fipradio.fr

zuletzt bearbeitet 27.02.2020 10:05 | nach oben springen

#10

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 27.02.2020 15:55
von MartinV | 35 Beiträge

Zitat
wie ich bis jetzt herausgefunden habe funktioniert imagemagik als modul für die strukturfindung in den stacks ?


Das wäre grundsätzlich möglich mit der Morphology-Funktion, die Du verlinkt hast. Die Funktion ist aber sehr komplex und geht bisher über mein Verständnis hinaus.

stackfuser nutzt stattdessen ein bereits existierendes, aber kaum bekanntes Stacking-Tool: enfuse (Download)
Ich sehe gerade, es gibt auch eine Windows-Version.

Zitat
wie macht denn stackfuser das stacken in groben zügen ?



stackfuser berechnet mit Hilfe von enfuse eine ganze Reihe von Stacks mit jeweils verschiedenen Parametern. Jedes der Ergebnisse hat seine Stärken und Schwächen.
imagemagick verbindet wiederum alle enfuse-Ergebnisse zu einem Gesamtbild (imagemagick Option -evaluate-sequence median).

enfuse ist ein reines Kommandozeilenprogramm. Dadurch ist es umständlich, es direkt zu bedienen, aber erfreulich einfach, um es als Werkzeug in stackfuser zu verwenden.
Die Basisoptionen für Stacking sind:

1
2
3
 

enfuse --exposure-weight=0 --saturation-weight=0 --contrast-weight=1 --hard-mask --output=ergebnis.jpg bild1.jpg bild2.jpg bild3.jpg ...
 
 


Die Basiseinstellung gibt schon ein brauchbares Ergebnis:


Zitat
wo ich bei linux dann aufgebe ist wenn ich keine befehlreferenz finde , was ich an befehlen eingeben kann/soll



enfuse bietet zahlreiche Stackingoptionen, deren Auwirkungen ich erst zum Teil erforscht habe. Gut dokumentiert sind die Optionen im enfuse Handbuch. Eine kürzere Übersicht bietet die enfuse manpage.
Die wichtigsten Optionen für Feineinstellung beim Stacking sind:

1
2
3
4
5
 

--contrast-window-size
--contrast-min-curvature
--contrast-edge-scale
 
 



Das enfuse-Bild weiter oben, das etwas krisselig aussieht, aber besonders detailreich ist, entstand mit den Basisoptionen und zusätzlich

1
 
--contrast-edge-scale=2.0:10:25
 



Mit stackfuser ist es einfacher, enfuse zu nutzen, als über die Kommandozeile. Alternativ gibt es als grafische Oberfläche für enfuse noch MacroFusion.

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#11

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 27.02.2020 16:24
von Kurt | 3.374 Beiträge

Hallo

Muss es schnell gehen, fotografiert man im JPG Format, stackt die Bilder und fertig.
Beurteilt wird nach Gefälligkeit der Bilder, die von der Stacking Software ausgegeben wird.
Viele Stacker lieben knackige Bilder (zu harter Kontrast).

Ein Vergleich der mit komprimierten Bildern im JPG Format angefertigt wurde und das Ergebnis nicht bearbeitet wird,
hat seine Richtigkeit für komprimierte JPG Bilder, wenn das Ergebnis nicht bearbeitet wird.

Werden Bilder im 16Bit TIF Format gestackt, danach entsprechend bearbeitet und dann die bearbeiteten fertigen Bilder verglichen, dann sieht die Tauglichkeit der Stacking Softwaren etwas anders aus.

Die Stacking Software die gefällige Bilder ergibt, lässt dem Fotografen fast keine Freiheit in der Bearbeitung. Die Bilder sind vom Kontrast zu hart.
(Kontrast erhöhen ist mit Bearbeitung einfach möglich, den Kontrast zu mindern gelingt nicht gut, da natürliche ZwischenTonwerte bei einer Kontrasterhöhung verloren gehen und bei einer Kontrastminderung lediglich mathematisch interpoliert werden können (das sieht im Bild schlecht aus)).

In der vergrössernden Fotografie ist das Licht setzen sehr anspruchsvoll, der Kontrastumfang des Objektes ist oft sehr hoch.
Das ergibt oft viele zu helle und zu dunkle Stellen im Bild.
Für eine richtige Belichtung (nicht zu hell) bei Focus Stacking müsste die hellste Stelle eines Objektes gemessen werden und zwar dann, wenn diese Stelle im Fokus ist (erst dann ist sie am hellsten).
Da dies oft nicht geling, muss man zur Sicherheit um 1-2 Blenden unterbelichten.
Diese 1-2 Blenden fehlen dann im 8Bit JPG oder 8Bit TIF Format am linken Ende des Kontrastumfanges (Histogrammes), also bei den dunklen Stellen.
Verhindert man eine Überbelichtung, dann saufen die dunklen Stellen sehr schnell ab.

Bei Focus Stacking ist es deshalb angebracht ein Aufnahmeformat zu wählen das einen möglichst hohen Kontrastumfang besitzt.
Bei Nikon ist das beim 14Bit RAW Format der Fall.
Diese 14Bit RAW Bilder werden in das 16Bit TIF Format umgewandelt und diese mit einer stacking Software gestackt, die das 16Bit TIF Format unterstützt und ausgibt. Es gibt Stacking Software die 16Bit Bilder einlesen kann, aber lediglich im 8Bit Format stackt und dann die Bilder im 16Bit TIF Format ausgibt. Bei solcher Stacking Software ist im dunklen Bereich weniger Information vorhanden und die dunklen Stellen können nicht so erfolgreich aufgehellt werden wie bei echter 16Bit Stacking Software.

Ein Versuch:
Eine Bildserie wird um 9 Blenden abgedunkelt und diese dunklen Bilder werden gestackt. das Ergebnis wird dann um 9 Blenden aufgehellt.
Nun vergleicht man die Ergebnisse die man im JPG, 8Bit TIF oder 14Bit Raw (in 16Bit TIF Format umgewandelt) angefertigt und mit unterschiedlicher Stacking Software gestackt hat miteinander.
Es wird sichtbar, dass die im 14Bit Raw Format angefertigten Bilder, die in das 16Bit TIF Format vor dem Stacken umgewandelt wurden und mit einer echten 16Bit Stacking Software gestackt wurden, das beste Ergebnis erbringen.
Der Kontrastumfang ist mit diesem Format am höchsten und dunkle Stellen können erfolgreicher aufgehellt werden, dies ohne Tonwertabrisse. Es ist allerdings die aufwändigste Methode, die viel Zeit, viel Speicher und eine hohe Rechenleistung benötigt.
Meine Vergleiche haben gezeigt, dass dazu Zerene Stacker am besten geeignet ist und Bilder erzeugt, die bei starker Vergrösserung, am wenigsten mit Artefakten behaftet sind.

Allgemein ist das Ergebnis von Zerene Stacker am unspektakulärsten, es lässt aber viel Freiheit für eine Bearbeitung und gegenüber anderer Stacking Software mangelt es an Details nicht.

Wenn ich Messungen betreffend Auflösung mache, fotografiere ich das Auflösungstarget in sehr kleinen Stackschritten und stacke diese Bilder mit Zerene Stacker. Dann wird die Auflösung im Ergebnis des Zerene Stackers beurteilt.
Dies hat den Vorteil, dass der Fokus sicher 100%ig war.

Durchsuche ich die Einzelbilder nach dem Bild, das am höchsten aufgelöst ist und bestimme die Auflösung, dann ist diese gleich hoch wie beim Stack von Zerene Stacker.
Zerene Stacker mindert somit die Auflösung nicht!

Kurt


_____________________________________________
In der Fotografie gilt es auch, das Schöne zu entdecken.
www.focus-stacking.com
www.focus-stacking.ch/Focus_Stacking_PDF.pdf
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#12

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 28.02.2020 06:21
von carypt | 263 Beiträge

hallo MartinV
danke für die erläuterungen , ja auf der helpseite von enfuse sieht man die erklärungen , wie das programm stackt und welche gewichtungen den pixeln gegeben werden können , danke auch für die paar speziellen optionszeilen , da weiß man schon eher wonach man suchen muß . (meine imagemagix-link hat da gar nichts mit zu tun , veranschaulicht bestenfalls wie konzepte ecken und kontrasterkennung aussehen könnten .) die mathematik und details , sind mir allerdings für jetzt zum drüberlesen etwas zu dolle , aber ich habe schon herausgelesen , daß die local contrast weighting §5.4 nur die luminanz (hell-dunkel, nur grauwerte) berücksichtigt und die farbkontrastierung nicht . das ist natürlich information , die ich von anderen programmen überhaupt gar nicht weiß , da bin ich jetzt schon mal schlauer , danke linux . und ich habe mir die mühe gemacht die unterstützung für die bilddateiformate (image file type support) vom programm (win64bit) ausgeben zu lassen :

der befehl (C:\Users\Username\Desktop\enblend-enfuse-4.2-win64\bin>) : "enfuse.exe --show-image-formats" gibt diese information aus :

Following image formats are supported by enfuse:
BMP
EXR
GIF
HDR
JPEG
PNG
PNM
SUN
TIFF
VIFF
It automatically recognizes the image file extensions:
bmp
exr
gif
hdr
jpeg
jpg
pbm
pgm
png
pnm
ppm
ras
tif
tiff
xv
and -- where supported by the image format -- accepts per-channel depths:
8 bits unsigned integral
16 bits unsigned or signed integral
32 bits unsigned or signed integral
32 bits floating-point
64 bits floating-point
schluß

known limitations
The BigTIFF image format is not supported.
Total size of any – even intermediate – image is limited to 231 pixels, this is two giga-pixels.

ich muß erstmal weiterlesen um weiter drüber reden zu können und etwas damit machen zu können ( ich mache nicht viel ausser lesen ) , bedanke mich aber für die einführung und wünsche viel erfolg . gruß carypt


fipradio.fr

zuletzt bearbeitet 28.02.2020 06:26 | nach oben springen

#13

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 28.02.2020 11:37
von witweb | 704 Beiträge

Hallo Martin,

ja, die Bilder sind schon erkennbar unterschiedlich. Auch Artefakte sind deutlich zu erkennen. Aber ob das eine Programm grundsätzlich besser ist, als das andere ist, wage ich mich noch nicht zu beurteilen.
Schau dir bitte mal die Hinweise von Kurt an, hinsichtlich JPG und RAW/TIFF bzw. 8/18Bit. Die Aufnahme bestimmt ja am meisten die Qualität der Bilder.
Zur Einordnung könntest du vielleicht noch ein paar Infos zum Objekt, Abbildungsmaßstab, zum Aufnahmeequipment und zum Stacking (Größe des Stapels und Stackschrittweite) geben.

Viele Grüße

Michael

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#14

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 28.02.2020 13:07
von MartinV | 35 Beiträge

Zitat
Schau dir bitte mal die Hinweise von Kurt an, hinsichtlich JPG und RAW/TIFF bzw. 8/18Bit. Die Aufnahme bestimmt ja am meisten die Qualität der Bilder.


Ja, das tue ich. Danke an Kurt für die vielen wichtigen Hinweise! Ich werde bald einen Test mit RAW-Bildern machen und auch auf die Bitzahl des Bildformates achten.
imagemagick kann einige RAW-Formate lesen, auch gibt es einige spezielle RAW-Konverter für Linux.

Zitat
Zur Einordnung könntest du vielleicht noch ein paar Infos zum Objekt, Abbildungsmaßstab, zum Aufnahmeequipment und zum Stacking (Größe des Stapels und Stackschrittweite) geben.


Die Kamera ist eine Canon EOS 1000D, ohne Objektiv auf ein Mikroskop Hund H500 montiert.
Das Beispielbild ist mit dem 100x Objektiv aufgenommen. Die Aufnahmen sind Vorschaubilder der Kamera mit 10x Vorschauzoom. (Praktisch läuft das auf einen kleinen Ausschnitt des Sensors bei maximaler Sensorauflösung hinaus.) Die Bildgröße habe ich nicht verändert. (Mit Aufnahme statt Vorschaubild wird die Qualität noch ein kleines bißchen besser).
Das Bild ist real ca. 40 µm (Mikrometer) breit. Es handelt sich um Blütenpollen unbekannter Herkunft (von Bienen gesammelt).
Der Stack besteht aus 68 Einzelaufnahmen.
Die genaue Schrittweite weiß ich nicht mehr, es dürfte ca 0,5 µm sein.

Der Fokus wird durch Anhebung des Mikroskoptisches über einen Schrittmotor geändert. Die kleinstmögliche Schrittweite bei mir ist 48nm (Nanometer).
Bei Gelegenheit werde ich die Technik mal genauer dokumentieren. Hier eine frühe Aufnahme von Motor mit Schnecke, der ein Zahnrad am Feintrieb des Mikroskopes bewegt: (Klick für größer):


Zur Verdeutlichung des Maßstabes hier ein Bild mit µm-Skala:


Zitat
ich muß erstmal weiterlesen um weiter drüber reden zu können und etwas damit machen zu können ( ich mache nicht viel ausser lesen ) , bedanke mich aber für die einführung und wünsche viel erfolg


Danke! wenn Du etwas Besonderes herausfindest oder Experimente mit den Parametern machst, freue ich mich, wenn Du davon berichtest! Ich glaube, daß enfuse Fähigkeiten hat, die ich noch nicht entdeckt habe.


Viele Grüße, Martin

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#15

RE: Focus-Stacking unter Ubuntu (Liniux)

in Alles rund um die Bildbearbeitung 03.03.2020 19:31
von waldbaer59 | 188 Beiträge

Hey, ich freue mich wenn's noch eine Alternative zu Zerene unter Linux gibt. Ich mag das Programm zwar sehr, aber mehr Auswahl = mehr Sicherheit. Da steckt mir noch der Schock in den Knochen vom Verlust der Software Autopano.
Und eine freie und quelloffene Software ist natürlich ein "Träumchen". Da ich nur über Linux arbeite bin ich sehr neugierig was draus wird und schaue es mir die Tage mal genauer an.

VLG
Stephan

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